Η ιστορία του σχολείου μας είναι μεγάλη και συνυφασμένη με τη λειτουργία της Παιδαγωγικής Ακαδημίας Λαμίας, η οποία ιδρύθηκε με τον νόμο 5802/1933.
Το σχολικό έτος 1952-53 αναφέρεται ως Πολυθέσιο Πρότυπο Δημοτικό Σχολείο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας και λειτουργεί παράλληλα με το 1/θεσιο Πρότυπο Δημοτικό Σχολείο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας Λαμίας.
Το σχολικό έτος 1972-73 αναφέρεται ως 1/θεσιο Πρότυπο Δημοτικό Σχολείο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας και λειτουργούν παράλληλα το 2ο 6/θεσιο Δημοτικό Σχολείο, το 3/θεσιο Δημοτικό Σχολείο και το 1/θεσιο Δημοτικό Σχολείο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας.
Με την αριθμ. Δ4/300/10-4-1996 απόφαση του ΥΠΕΠΘ περί «Μετατροπής των Πειραματικών Δημοτικών Σχολείων – Νηπιαγωγείων» σε κοινά σχολεία μετατρέπονται:
- Το 1ο 6/θεσιο και το 2ο 6/θεσιο Πειραματικό Δημοτικό Σχολείο Λαμίας σε 16ο 12/θεσιο Δημοτικό Σχολείο Λαμίας.
- Το 1/θεσιο και 3/θεσιο πειραματικό Δημοτικό Σχολείο Λαμίας σε 18ο 4/θεσιο Δημοτικό Σχολείο
- Το 4/θεσιο ειδικό Πειραματικό Σχολείο Λαμίας σε 2ο 4/θεσιο ειδικό Δημοτικό Σχολείο Λαμίας
Μετά το ΦΕΚ 1130/30-08-2001 ΤΒ? η επωνυμία της σχολική μονάδας γίνεται 16ο Ολοήμερο Δημοτικό Σχολείο και με το ΦΕΚ 1210/ΤΒ/2004, το 16ο Δημοτικό Σχολείο συγχωνεύεται με το 18ο Δημοτικό Σχολείο.
Στην συνέχεια με την πράξη τελευταίας μεταβολής (αρ. πρωτ.) Φ 3/609/60745/Γ1/28-05-2010 ΥΠΔ αποκτά την προσωνυμία Ε.Α.Ε.Π σχολείο.
Τέλος, τον Ιούνιο του 2016 μετατράπηκε σε εννιαίο τύπο ολοημέρου δημοτικού σχολείου.